1. 真佛密法修行的次第（程序）。
「真佛密法」的修行次第，先「外法」，再「內法」，再「密法」，最後「密密法」。
也就是先「生起次第」（即「外法」）再來是「圓滿次第」（即「內法」、「密法」、「密密法」）依序而修。
其修持程序如下：
（1） 四加行法。 （2） 上師相應法。
（3） 本尊法。 （4） 寶瓶氣。
（5） 拙火法。 （6） 開中脈。
（7） 開五輪。 （8） 金剛法。
（9） 無上密。 （10）大圓滿。
2. 真佛密法分為那些層次的灌頂？
（1）初灌─外法。（包括加行法灌頂、根本上師相應法灌頂、諸尊灌頂。）
（2）二灌─內法。（包括寶瓶氣、拙火法、明點法、無漏法，其中無漏法非法器不傳。）
（3）三灌─無上密。（密法）
（4）四灌─大圓滿。（密密法）
3. 為什麼密教一開始先修「四加行」？
修持「四加行」：
（1）持唸「四皈依咒」產生完全依止的力量，使弟子的心完全依止根本傳承上師、依止佛、依止法、依止聖賢僧，有了完全的依止信念，才能達到道心堅固和成就。
（2）「大禮拜法」可以體現對諸佛菩薩、金剛護法、空行諸天的虔敬，可以降伏我慢心，破我執，清淨身口意業，而且還可以健身。
（3）「供養曼達法」是集聚資糧、增長福慧。
（4）「金剛心菩薩法」可消除無始劫之罪障。
「四加行」是密教的基礎，修持如獲真正的完全相應，已是「等覺」菩薩果位。如果沒有如此的「資糧」，如何去學習「密法」。
4. 為什麼要修上師相應法？
密教的成就來自「根本傳承上師」加持之故，其中「訣竅」亦由根本傳承上師傳授，這是傳承的緣起，也是大乘空性緣起，所以「上師相應法」一定要修。
再者「上師相應法」是「根本傳承上師」與弟子間相互感應最速捷的方法。所以凡是「真佛宗」的弟子，一定要修「根本上師相應法」，修「根本上師相應法」得到相應，再進一步依次第修本尊法，才不會有偏差。
5. 何謂「密教三根本」？
所謂密教三根本：「根本傳承上師」、「根本本尊」、「根本護法」，是密教修行的三根本。
「根本傳承上師」是加持根本。（加持成就）
「根本本尊」是成就根本。（成就悉地）
「根本護法」是事業根本。（護持得到正念，保持正見，直至成就。）
這三根本仍然以「根本傳承上師」為最重要。
因為「本尊」與「護法」是「根本傳承上師」授與，才如法去修持的。〈蓮生活佛文集第154冊第94頁〉
我們真佛行者要記住，「根本傳承上師心咒」、「根本本尊咒」、「根本護法咒」這三根本咒要持滿數。
6. 為什麼有八大本尊法？
有些真佛行者，確實與某一本尊特別有緣，個性相合，願力相等。蓮生活佛認為這樣的行者，可以選擇「本尊法」修持，以便早日相應成就，這是蓮生聖尊的慈悲，大開方便法門。
密教首重「根本傳承的加持力」，所以在修持「八大本尊法」之任何一尊時（除大白蓮花童子本尊法外），必須在修持儀軌的正行，觀想「根本傳承上師三光加被」並持誦「根本上師心咒」一０八遍。