一、何謂「三根本」？
上師、本尊、護法是密教修行的三根本。
「上師」是加持根本。
「本尊」是成就根本。
「護法」是事業根本。
原則上，修持密教，如果沒有根本上師的心要口訣，給密教行者加持引導，密法如何入？
如果沒有根本本尊之威德法流灌頂，密教行者如何能入諸佛秘密，如何能相應？
如果沒有根本護法的日夜守護密教行者，行者早已被魔入侵，成了天魔的點心，或走火入魔了！
這三根本仍然以「根本傳承上師」為最重要。
因為「本尊」與「護法」是「上師」授與，才如法去修持的。（蓮生活佛文集第一五四冊第九十四頁）
二、為什麼「三大根本」中以「根本上師」列為第一恭敬？
密教是以「根本上師」列為第一恭敬，所以承事供養上師為第一，以領到「根本上師」的加持為唯一的相應條件。因此有「馬鳴菩薩」著的事師法五十頌傳世。（蓮生活佛文集第一○七冊第一九三頁）
弟子要尊敬「上師」，以「上師」的願望為願望。對「上師」的教導，努力去學習，並且去追求得證。（蓮生活佛文集第四十七冊第一七五頁）
三、在密教的修行中，「三大根本」為什麼如此重要？
在密教裡，根本上師是第一重要，永遠不可捨棄，接著是根本本尊，一生奉持不輟，最後根本護法，一生守護著行者。此三者若缺一，就喪失了傳承加持力。（蓮生活佛文集第八十九冊第六十二頁）
密教的三根本太重要了，上師是一切法的總持，本尊是行者的自性，護法是人間的守護神，這三者缺一不可，你的修行，如果有了相應(瑜伽)，對死亡所懷的恐懼，如日出霧散一樣，自然會消失的無影無蹤。（蓮生活佛文集第一六三冊第三十五頁）
四、為什麼密宗行者若不依這「三大根本」而行持，修行有失，是不如法的？
密宗行者，從發心皈依根本上師開始，先修四加行打修行的基礎，再與根本上師相應，得「傳承加持力」，再修根本本尊，修三密行，到與本尊相應，成就本尊，這是依行因，證果德。
若不是如此修行。
便是依行不正。
證果亦歪，亦邪。
今天這個本尊，明天那個本尊，變來變去，無法一心，如此就亂，不會有成就的，所以本尊是「成就根本」。
行者若得「加持根本」及「成就根本」，如此演法，就會有作用。法力轉變無窮，一切法互相周遍，冥然同體。所有的「空行」均會護持，而「空行」來護持，就是「事業根本」。
這是得「加持根本」、「成就根本」、「事業根本」，如此便得其甚深三昧，而起無量的妙用也。（蓮生活佛文集第七十五冊第一七二頁、第一七四頁）
五、一個學習密教的人，求往生時，為什麼要時時憶念「三大根本」，才可得到明光？
蓮生活佛 盧勝彥深深覺得，一個學習密教的人，為什麼「三根本」要時時憶念的重要性，在此時刻，正是依怙也。
你平時什麼也不信，只信「錢」，「錢」能救你嗎？
有信仰，又時時憶念「三根本」，上師可現身，本尊可現身，護法可現身，都是往生的「明光」。（蓮生活佛文集第一六三冊第八十三頁）
六、為什麼要密法成就，從頭到尾都要「正見」，非得「三大根本」，此三者若缺一，則無法成就？
學習密教一定要依止一位真正有傳承的金剛上師，也就是必須確立一位根本上師，一心淨信，專心修持。因為把心安住於一位根本，時常憶念根本，才有可能不亂不動，這是「密教的正見」。
密教的正見，是一個根本上師，一個根本本尊，一個根本護法，好好的修。勿貪神通邪術，勿貪奇貪多，勿著幻視幻聽，勿聽信毀謗，猶疑不決。
盲信要不得。
迷信要不得。
理智很重要。
要密法成就，要了生脫死，從頭到尾都要「正見」！（蓮生活佛文集第一五四冊第二十、二十一頁）
註：以上文集中的「上師」兩字，皆是指「根本傳承上師」。